No quadro das parcerias estratégicas com outras Instituições, alguns investigadores do ISPA desenvolvem as suas atividades no Instituto Gulbenkian de Ciência, que engloba estudos ao nível molecular, celular, do organismo e populacional. Os programas de investigação privilegiam abordagens centradas no organismo, maioritariamente em modelos experimentais (leveduras, plantas, vermes, moscas, peixes-zebra e ratinhos), e inclui aspectos de doenças humanas complexas, biologia computacional, bioinformática e biologia teórica.

O Professor Doutor Rui Oliveira, Reitor do ISPA, dirige um dos Grupos de Investigação Internos: Integrative Behavioural Biology.